Complexul monahal Agapia cuprinde două biserici: „Agapia din deal” - întemeiată în a doua jumătate a secolului al XVI-lea, şi „Agapia din vale”, construită între 1642 şi 1647 de voievodul Vasile Lupu şi inaugurată de mitropolitul Varlaam. Instabilitatea terenului pe care se află prima biserică a obligat călugării să înfiinţeze o nouă biserică în vale, cunoscută pentru frescele ei executate între 1852 şi 1862 de pictorul clasic român Nicolae Grigorescu, atunci în vârstă de numai 18 ani. 
  
Biserica „Agapia din vale” a fost construită după un plan arhitectural triconc, din piatră şi din cărămidă. Elementele construcţiei originale sunt zidurile groase, pridvorul, coloanele masive între pridvor şi pronaos, absidele semicirculare - unde se află ferestrele şi turnul octogonal tipic moldovenesc de deasupra navei. Incinta şi clădirile anexe, cuprinzând îndeosebi stăreţia, chiliile călugăriţelor, încăperile de găzduire a vizitatorilor, muzeul, biblioteca şi atelierele de lucru, au fost construite ulterior. Muzeul reuneşte icoane din secolele XVII-XVIII şi obiecte de artizanat, în special covoare, confecţionate de maicile mănăstirii.
 
Trei fresce sunt adevărate capodopere de artă picturală de influenţă bizantină şi italiană: „Intrarea în Ierusalim”, portretul Sfântului Gheorghe pe uşa altarului şi portretul „Maicii Domnului cu Pruncul în braţe”. În bolta cupolei de deasupra navei, imaginea lui Cristos pe un curcubeu pune în valoare culorile steagului românesc. Portretele sfinţilor au fost executate cu mare realism, ca acela al sfântului Daniel care este în realitate autoportretul meşterului zugrav.
 
Mănăstirea „Agapia din deal”, iniţial un schit înălţat în a doua jumătate a secolului al XIV-lea, care purta numele călugărului Agapie, a fost reconstruită în mai multe rânduri: sub domnia voievodului Petru Rareş, sub a doua domnie a voievodului Petru Şchiopul (1582-1591); în 1680 când o altă biserică a fost construită de Anastasia, soţia lui Duca Vodă, în 1821, în 1873 şi între 1990 şi 1994. Singura mărturie a trecutului istoric al acestei biserici este turnul-clopotniţă care datează din secolul al XVII-lea. Până în secolul al XVII-lea, mănăstirea a jucat un rol religios şi cultural important în formarea fiilor de boieri.